W 1217 r. franciszkanie utworzyli Prowincję Ziemi Świętej. W 1263 r. prowincja ta została podzielona na trzy terytoria, każde z nich nazywa się "Kustodią", z których jedno jest znane jako Kustodia Ziemi Świętej lub Syrii, w zależności od miejsca zamieszkania jej społeczności.

W 1291 roku, po upadku Łacińskiego Królestwa Jerozolimy, bracia przenieśli się na Cypr.

W 1336 r., popierani w prośbie do sułtana egipskiego przez suwerenistów Neapolu, franciszkanie mogli powrócić na stałe do Ziemi Świętej po uzyskaniu wszystkich wymaganych praw do świętych miejsc i nabyli inne nieruchomości i rezydencje. Papież Klemens VI oficjalnie uznał te przejęcia 21 listopada 1342 roku. Od tej pory centralna siedziba Kustodii Ziemi Świętej znajdowała się obok Wieczernika na Syjonie. Jednakże bracia zostali wydaleni z tego miejsca w 1551 r. W 1560 r. przejęli obecny klasztor Świętego Zbawiciela w Jerozolimie i przenieśli centralną siedzibę do nowej lokalizacji.

Główną odpowiedzialnością Kustodii Ziemi Świętej była i jest ochrona świętych miejsc, którą to opiekę Stolica Apostolska powierzyła Kustodii od samego początku. A mianowicie utrzymuje świątynie, bazyliki i kościoły oraz zapewnia potrzeby swoich klasztorów. Z serdeczną troską traktuje pielgrzymów. Casa Novas z Jerozolimy, Nazaretu, Betlejem, Góry Tabor i Tyberiady, oferują tę gościnność pielgrzymom. Są do dyspozycji dla wyznawców religii różnych języków, aby oprowadzać i wspierać ich duchowo. Kustodia prowadzi różne działania we wszystkich krajach Bliskiego Wschodu: Izraelu, Palestynie, Jordanii, Syrii, Libanie, Cyprze, Egipcie i na Rodos.

Kustodia Ziemi Świętej zrzesza franciszkanów 38 narodowości z 56 prowincji kościelnych. Jest ona zarządzana przez Kustosza z Jerozolimy, który jest wspomagany radą składającą się z siedmiu członków.